Combien de temps pour refaire son microbiote après antibiotique ?
Selon l'antibiotique, le microbiote se remet en 1 semaine à plusieurs mois, parfois sans revenir tout à fait à son état de départ. Après une cure très forte, 12 hommes passaient de 160 espèces de bactéries à 73 au 8e jour, et en avaient 136 après 6 mois (Palleja, 2018 ; Fischer et Bild, 2019).
Où vivent ces bactéries, que mangent-elles, et combien en reste-t-il ?
Les comptages viennent des selles : la place des points est illustrative, voir ci-dessous.
Qui vit où, qui mange quoi
Les comptages viennent des selles de 12 hommes : l'étude ne dit pas où vivait chaque espèce. Les lieux et les repas viennent d'autres travaux, cités ci-dessous. Le nombre de points suit les comptages à 160, 73 et 136 ; entre ces jours, il est estimé.
| Groupe | Où il vit | Ce qu'il mange | Ce qu'il laisse |
|---|---|---|---|
| Dégradeurs de fibres (Bacteroides) | Le contenu, et une partie du mucus relâché | Les fibres de l'alimentation : amidon résistant, pectine, xylane, bêta-glucane | Des sucres plus courts et du succinate, repris par d'autres bactéries |
| Bifidobactéries | Le contenu | Les sucres courts libérés par les dégradeurs de fibres | Lactate, acétate et formate, repris par d'autres bactéries |
| Producteurs de butyrate (Faecalibacterium, Roseburia) | Le contenu, jusqu'au bord du mucus | L'acétate et le lactate des autres bactéries, avec des sucres | Le butyrate, principale nourriture des cellules de la paroi du colon |
| Mangeurs de mucus (Akkermansia muciniphila) | La couche relâchée de mucus | Le mucus fabriqué par notre paroi | Du propionate et des sucres libérés, repris par des producteurs de butyrate |
| Entérobactéries (dont E. coli) | Près de la paroi et dans les cryptes | Des sucres simples laissés libres ; elles respirent l'oxygène et le nitrate qui viennent de la paroi | Leur nombre monte quand les autres manquent |
- humainPresque toutes dans le colon. Environ 100 milliards de bactéries par millilitre dans le colon, contre 1 000 à 10 000 dans le haut de l'intestin grêle (Sender, 2016).
- animalDeux couches de mucus. La couche serrée, contre la paroi, est presque sans bactéries ; la couche relâchée leur sert d'habitat, et les bactéries des cryptes ne sont pas les mêmes que celles du contenu. Le plus clair de ces observations vient de la souris ; chez l'homme, elles viennent de biopsies (Tropini, 2017).
- animalPourquoi les entérobactéries montent. Le butyrate nourrit les cellules de la paroi, qui consomment l'oxygène. Quand les producteurs de butyrate manquent, il reste plus d'oxygène et de nitrate dans le tube, et les entérobactéries s'en servent pour respirer (Olsan, 2017, surtout chez la souris).
- animalSans fibres, elles mangent le mucus. Chez des souris, un régime sans fibres pousse les bactéries à consommer le mucus et amincit la couche protectrice (Desai, 2016 ; Tiffany, 2026).
- hypothèseLa place des points. Chaque point est posé dans la zone où son groupe vit, mais sa place exacte et sa taille sont illustratives.
Quelles bactéries vivent dans l'intestin, et que fabriquent-elles ?
Formes des bactéries d'après leur aspect au microscope ; tailles et places illustratives. Touchez une famille pour aller à son étape.
Les familles en texte, et d'où viennent ces chiffres
| Famille | Embranchement | Part des bactéries | Ce qu'elle mange | Ce qu'elle fabrique | Où ça va |
|---|---|---|---|---|---|
| Bacteroides (Bacteroidaceae) | Bacteroidota (ex-Bacteroidetes) | Environ 90 % avec les Bacillota | Les fibres que nos enzymes ne digèrent pas | Sucres courts, acétate, propionate, gaz | Propionate au foie, acétate dans le sang |
| Bifidobactéries (Bifidobacteriaceae) | Actinomycetota (ex-Actinobacteria) | 2 à 14 % chez l'adulte | Les sucres courts | Acétate, lactate, folates (vitamine B9) | Acétate et lactate repris par d'autres bactéries |
| Faecalibacterium (Oscillospiraceae), Roseburia (Lachnospiraceae) | Bacillota (ex-Firmicutes) | 3,8 % en moyenne pour le groupe de F. prausnitzii | Acétate, lactate, sucres | Butyrate, gaz | La paroi du colon, qui s'en nourrit |
| Akkermansia muciniphila (Akkermansiaceae) | Verrucomicrobiota | Plus de 1 % des cellules des selles | Le mucus fait par la paroi | Propionate, acétate | Foie et sang |
| Entérobactéries, dont E. coli (Enterobacteriaceae) | Pseudomonadota (ex-Proteobacteria) | Une petite minorité | Sucres simples laissés libres | Vitamine K2 | Le sang ; elles prennent la place libre quand les autres manquent |
- humainLes 3 acides gras. Dans le colon et les selles, acétate, propionate et butyrate sont à peu près dans le rapport 60 : 20 : 20. 95 % sont repris par le corps, 5 % partent dans les selles (den Besten, 2013).
- humainCe qui reste après la paroi et le foie. À jeun, chez des patients opérés de la vésicule : dans la veine qui va au foie, acétate 128, propionate 34, butyrate 18 µmol/L ; dans le sang du bras, acétate 67, propionate 4, butyrate à l'état de traces. Le butyrate est retenu par la paroi, le propionate par le foie (Cummings, 1987).
- humainL'énergie de la paroi. Les cellules de la paroi du colon tirent 60 à 70 % de leur énergie de ces acides gras, et le butyrate est leur carburant principal (den Besten, 2013).
- humainLes gaz. 10 volontaires, avec 200 g de haricots blancs en plus de leurs repas : 0,5 à 1,5 L par jour, 0,7 L en médiane, surtout de l'hydrogène. Après 2 jours sans fibres : 0,2 L (Tomlin, 1991).
- humainLa part de chaque famille. Bacteroidota et Bacillota, environ 90 % à eux deux (Rinninella, 2019) ; bifidobactéries, 2 à 14 % chez l'adulte, bien plus chez le bébé (Arboleya, 2016) ; le groupe de F. prausnitzii, 3,8 % en moyenne chez 10 personnes (Hold, 2003) ; Akkermansia, plus de 1 % des cellules des selles (Derrien, 2008) ; les entérobactéries, une petite minorité (Shin, 2015). Ces parts changent beaucoup d'une personne à l'autre.
- humainLes vitamines. Des bactéries de l'intestin, dont les bifidobactéries, fabriquent des vitamines B ; d'autres font de la vitamine K2 (LeBlanc, 2013 ; Conly, 1992).
- hypothèseFormes et places. Les formes suivent l'aspect au microscope (bâtonnets, Y des bifidobactéries, ovales d'Akkermansia), mais tailles et places sont illustratives : dans l'intestin, ces familles sont mêlées.
Combien d'espèces restent, jour après jour ?
La chute prend quelques jours, la remontée quelques semaines ; seuls les jours 0, 8 et 180 sont des comptages publiés.
Ce que valent ces chiffres, et ce qui est estimé (5 notes)
Tous les antibiotiques laissent-ils la même trace ?
Non : selon le médicament, l'écart mesuré dure de 1 semaine à 1 an. Chaque barre va jusqu'au dernier contrôle où une différence était encore mesurée.
Les valeurs en texte, et ce que valent ces chiffres (3 notes)
| Antibiotique | Composition différente | Diversité plus basse | Étude |
|---|---|---|---|
| Amoxicilline et acide clavulanique | jusqu'à 1 semaine après l'arrêt | non donnée | MacPherson, 2018 (70 adultes) |
| Amoxicilline | 1 semaine | aucun effet net | Zaura, 2015 (14 personnes) |
| Minocycline | 1 mois | juste après la cure | Zaura, 2015 (10 personnes) |
| Clindamycine | 4 mois | 4 mois | Zaura, 2015 (9 personnes) |
| Ciprofloxacine | 1 mois | 12 mois | Zaura, 2015 (10 personnes) |
| Trio très fort | 1,5 mois | espèces en moins à 6 mois | Palleja, 2018 (12 hommes) |
- humainDes petits groupes. 9 à 14 personnes par antibiotique chez Zaura, et ce sont des personnes en bonne santé. Les durées ne valent pas pour tout le monde.
- humainUne étude financée par un fabricant. MacPherson, 2018 a été financée par Lallemand, qui vend des probiotiques.
- humainD'une personne à l'autre. 3 personnes ont pris 2 fois 5 jours de ciprofloxacine. Leur diversité tombait en 3 à 4 jours et revenait surtout en 1 semaine, mais à la fin de l'étude, après 10 mois, leur microbiote était stable et différent du départ. La réaction variait d'une personne à l'autre, et d'une cure à l'autre (Dethlefsen et Relman, 2011).
Questions fréquentes sur le microbiote et les antibiotiques
Combien de temps pour reconstituer sa flore intestinale après un antibiotique ?
La flore intestinale, ou microbiote, se remet en 1 semaine à plusieurs mois selon l'antibiotique. Après 7 jours d'amoxicilline et d'acide clavulanique, elle était revenue à son profil de départ 1 semaine après l'arrêt (MacPherson, 2018). Après une cure bien plus forte, elle était proche du départ en 6 semaines, avec des espèces encore absentes à 6 mois (Palleja, 2018).
Quelles bactéries vivent dans l'intestin, et que fabriquent-elles ?
Deux grands groupes, les Bacillota et les Bacteroidota, font environ 90 % des bactéries du colon (Rinninella, 2019). Ensemble, elles transforment les fibres que nous ne digérons pas en acétate, propionate et butyrate, à peu près dans le rapport 60 : 20 : 20, et 95 % de ces acides gras sont repris par le corps (den Besten, 2013). Le butyrate nourrit la paroi du colon, le propionate va au foie, l'acétate jusqu'aux muscles. Certaines font aussi des vitamines B ou K2, et des gaz.
Faut-il prendre des probiotiques après un antibiotique ?
Pas forcément : ils ne semblent pas aider le microbiote à revenir, mais peuvent réduire un risque précis. Dans une petite étude, le retour du microbiote d'origine était plus lent et moins complet avec des probiotiques (Suez, 2018). Contre l'infection à C. difficile, une grande synthèse trouve 1,5 % de cas avec probiotiques contre 4,0 % sans ; le bénéfice se voit surtout quand le risque de départ dépasse 5 %, et non en dessous (Cochrane, 2025). À discuter avec un médecin ou un pharmacien.
Pourquoi peut-on avoir la diarrhée sous antibiotique ?
Un antibiotique tue aussi des bactéries utiles de l'intestin, et d'autres peuvent alors prendre leur place. La plus redoutée s'appelle C. difficile : le risque peut être jusqu'à 10 fois plus élevé pendant la cure et dans le mois qui suit (CDC). Une diarrhée importante ou qui dure doit faire consulter.
Que manger pour aider son microbiote après un antibiotique ?
Aucune des études de cette page ne compare des régimes après un antibiotique, donc elle ne permet pas de conseiller un aliment précis. On sait toutefois que le microbiote réagit vite à l'alimentation : il change un jour après que le nouveau régime a atteint l'intestin, chez 10 volontaires par régime (David, 2014).
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Sources
- Palleja A et al. Nature Microbiology, 2018. doi:10.1038/s41564-018-0257-9
- Fischer MM, Bild M. Prépublication, 2019. arXiv:1906.11546
- Zaura E et al. mBio, 2015. doi:10.1128/mBio.01693-15
- MacPherson CW et al. Scientific Reports, 2018. PMC6060159
- Dethlefsen L, Relman DA. PNAS, 2011. doi:10.1073/pnas.1000087107
- Suez J et al. Cell, 2018. doi:10.1016/j.cell.2018.08.047
- Esmaeilinezhad Z et al. Cochrane, 2025. CD006095
- CDC. About C. diff
- David LA et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature, 2014. doi:10.1038/nature12820
- Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biology, 2016. doi:10.1371/journal.pbio.1002533
- Tropini C et al. The gut microbiome: connecting spatial organization to function. Cell Host and Microbe, 2017. doi:10.1016/j.chom.2017.03.010
- Olsan EE et al. Colonization resistance: the deconvolution of a complex trait. Journal of Biological Chemistry, 2017. doi:10.1074/jbc.R116.752295
- Fernandez-Julia P et al. Cross-feeding interactions between human gut commensals belonging to the Bacteroides and Bifidobacterium genera. Microbiome Research Reports, 2022. doi:10.20517/mrr.2021.05
- Louis P, Flint HJ. Formation of propionate and butyrate by the human colonic microbiota. Environmental Microbiology, 2017. doi:10.1111/1462-2920.13589
- Tiffany E et al. Mucin-degrading gut bacteria: context-dependent roles in intestinal homeostasis and disease. Gut Microbes, 2026. doi:10.1080/19490976.2026.2614054
- Desai MS et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell, 2016. doi:10.1016/j.cell.2016.10.043
- den Besten G et al. The role of short-chain fatty acids in the interplay between diet, gut microbiota, and host energy metabolism. Journal of Lipid Research, 2013. doi:10.1194/jlr.R036012
- Cummings JH et al. Short chain fatty acids in human large intestine, portal, hepatic and venous blood. Gut, 1987. doi:10.1136/gut.28.10.1221
- Rinninella E et al. What is the healthy gut microbiota composition? A changing ecosystem across age, environment, diet, and diseases. Microorganisms, 2019. doi:10.3390/microorganisms7010014
- Arboleya S et al. Gut Bifidobacteria populations in human health and aging. Frontiers in Microbiology, 2016. doi:10.3389/fmicb.2016.01204
- Hold GL et al. Oligonucleotide probes that detect quantitatively significant groups of butyrate-producing bacteria in human feces. Applied and Environmental Microbiology, 2003. doi:10.1128/AEM.69.7.4320-4324.2003
- Derrien M et al. The mucin degrader Akkermansia muciniphila is an abundant resident of the human intestinal tract. Applied and Environmental Microbiology, 2008. doi:10.1128/AEM.01226-07
- Shin NR, Whon TW, Bae JW. Proteobacteria: microbial signature of dysbiosis in gut microbiota. Trends in Biotechnology, 2015. doi:10.1016/j.tibtech.2015.06.011
- LeBlanc JG et al. Bacteria as vitamin suppliers to their host: a gut microbiota perspective. Current Opinion in Biotechnology, 2013. doi:10.1016/j.copbio.2012.08.005
- Conly JM, Stein K. Quantitative and qualitative measurements of K vitamins in human intestinal contents. The American Journal of Gastroenterology, 1992. PMID 1539565
- Tomlin J, Lowis C, Read NW. Investigation of normal flatus production in healthy volunteers. Gut, 1991. doi:10.1136/gut.32.6.665
- Derrien M et al. Akkermansia muciniphila gen. nov., sp. nov., a human intestinal mucin-degrading bacterium. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2004. doi:10.1099/ijs.0.02873-0
- Van Herreweghen F et al. In vitro colonisation of the distal colon by Akkermansia muciniphila is largely mucin and pH dependent. Beneficial Microbes, 2017. doi:10.3920/BM2016.0013
Vrai ou faux ?
Tous les antibiotiques abîment le microbiote pendant des mois.
Faux. La trace dépend du médicament : chez 14 personnes sous amoxicilline, la composition ne différait du placebo qu'à 1 semaine ; sous clindamycine, jusqu'à 4 mois (Zaura, 2015).
Les probiotiques accélèrent toujours le retour du microbiote.
Faux. Dans une petite étude, le microbiote d'origine revenait plus lentement et moins complètement avec des probiotiques (Suez, 2018).
Le même antibiotique peut agir différemment chez deux personnes.
Vrai. Chez 3 personnes qui ont pris la même ciprofloxacine, les changements variaient d'une personne à l'autre, et d'une cure à l'autre (Dethlefsen et Relman, 2011).
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Metabolive. « Microbiote après antibiotique : combien de temps ? ». Mis à jour le 2 novembre 2026. https://metabolive.com/fr/quotidien/microbiote-antibiotiques.