¿Cuánto tarda en recuperarse la microbiota tras un antibiótico?
Según el antibiótico, la microbiota se recupera en 1 semana o en varios meses, a veces sin volver del todo a su estado inicial. Tras un tratamiento muy fuerte, 12 hombres pasaron de 160 especies de bacterias a 73 el día 8, y tenían 136 a los 6 meses (Palleja, 2018; Fischer y Bild, 2019).
¿Dónde viven estas bacterias, qué comen y cuántas quedan?
Los recuentos vienen de las heces: la posición de los puntos es ilustrativa, vea más abajo.
Quién vive dónde, quién come qué
Los recuentos vienen de las heces de 12 hombres: el estudio no dice dónde vivía cada especie. Los lugares y la comida vienen de otros trabajos, citados más abajo. El número de puntos sigue los recuentos de 160, 73 y 136; entre esos días, es una estimación.
| Grupo | Dónde vive | Qué come | Qué deja |
|---|---|---|---|
| Degradadores de fibra (Bacteroides) | El contenido, y una parte del moco suelto | Las fibras de la dieta: almidón resistente, pectina, xilano, betaglucano | Azúcares más cortos y succinato, que aprovechan otras bacterias |
| Bifidobacterias | El contenido | Los azúcares cortos liberados por los degradadores de fibra | Lactato, acetato y formiato, que aprovechan otras bacterias |
| Productores de butirato (Faecalibacterium, Roseburia) | El contenido, hasta el borde del moco | El acetato y el lactato de otras bacterias, con azúcares | El butirato, principal alimento de las células de la pared del colon |
| Comedores de moco (Akkermansia muciniphila) | La capa suelta de moco | El moco que fabrica nuestra pared | Propionato y azúcares liberados, que aprovechan los productores de butirato |
| Enterobacterias (entre ellas E. coli) | Cerca de la pared y en las criptas | Azúcares simples que quedan libres; respiran el oxígeno y el nitrato que vienen de la pared | Su número sube cuando faltan las demás |
- humanoCasi todas en el colon. Unos 100 000 millones de bacterias por mililitro en el colon, frente a 1 000 a 10 000 en la parte alta del intestino delgado (Sender, 2016).
- animalDos capas de moco. La capa densa, pegada a la pared, casi no tiene bacterias; la capa suelta les sirve de hábitat, y las bacterias de las criptas no son las mismas que las del contenido. Lo más claro de estas observaciones viene del ratón; en humanos, vienen de biopsias (Tropini, 2017).
- animalPor qué suben las enterobacterias. El butirato alimenta a las células de la pared, que consumen el oxígeno. Cuando faltan los productores de butirato, queda más oxígeno y nitrato en el tubo, y las enterobacterias los usan para respirar (Olsan, 2017, sobre todo en ratones).
- animalSin fibra, comen el moco. En ratones, una dieta sin fibra lleva a las bacterias a consumir el moco y adelgaza la capa protectora (Desai, 2016; Tiffany, 2026).
- hipótesisLa posición de los puntos. Cada punto está en la zona donde vive su grupo, pero su lugar exacto y su tamaño son ilustrativos.
¿Qué bacterias viven en el intestino y qué fabrican?
Formas de las bacterias según su aspecto al microscopio; tamaños y lugares ilustrativos. Toque una familia para ir a su etapa.
Las familias en texto, y de dónde vienen estas cifras
| Familia | Filo | Parte de las bacterias | Qué come | Qué fabrica | Adónde va |
|---|---|---|---|---|---|
| Bacteroides (Bacteroidaceae) | Bacteroidota (antes Bacteroidetes) | Cerca del 90 % junto con los Bacillota | La fibra que nuestras enzimas no digieren | Azúcares cortos, acetato, propionato, gases | Propionato al hígado, acetato a la sangre |
| Bifidobacterias (Bifidobacteriaceae) | Actinomycetota (antes Actinobacteria) | Del 2 al 14 % en adultos | Los azúcares cortos | Acetato, lactato, folatos (vitamina B9) | Acetato y lactato que aprovechan otras bacterias |
| Faecalibacterium (Oscillospiraceae), Roseburia (Lachnospiraceae) | Bacillota (antes Firmicutes) | 3,8 % de media para el grupo de F. prausnitzii | Acetato, lactato, azúcares | Butirato, gases | La pared del colon, que se alimenta de él |
| Akkermansia muciniphila (Akkermansiaceae) | Verrucomicrobiota | Más del 1 % de las células de las heces | El moco que hace la pared | Propionato, acetato | Hígado y sangre |
| Enterobacterias, entre ellas E. coli (Enterobacteriaceae) | Pseudomonadota (antes Proteobacteria) | Una pequeña minoría | Azúcares simples que quedan libres | Vitamina K2 | La sangre; ocupan el sitio libre cuando faltan las demás |
- humanoLos 3 ácidos grasos. En el colon y las heces, acetato, propionato y butirato están más o menos en la proporción 60 : 20 : 20. El cuerpo absorbe el 95 %, y el 5 % sale con las heces (den Besten, 2013).
- humanoLo que queda tras la pared y el hígado. En ayunas, en pacientes operados de la vesícula: en la vena que va al hígado, acetato 128, propionato 34, butirato 18 µmol/L; en la sangre del brazo, acetato 67, propionato 4, butirato en trazas. La pared retiene el butirato, el hígado el propionato (Cummings, 1987).
- humanoLa energía de la pared. Las células de la pared del colon obtienen del 60 al 70 % de su energía de estos ácidos grasos, y el butirato es su combustible principal (den Besten, 2013).
- humanoLos gases. 10 voluntarios, con 200 g de alubias blancas además de sus comidas: de 0,5 a 1,5 L al día, 0,7 L de mediana, sobre todo hidrógeno. Tras 2 días sin fibra: 0,2 L (Tomlin, 1991).
- humanoLa parte de cada familia. Bacteroidota y Bacillota, cerca del 90 % entre los dos (Rinninella, 2019); bifidobacterias, del 2 al 14 % en adultos, mucho más en bebés (Arboleya, 2016); el grupo de F. prausnitzii, 3,8 % de media en 10 personas (Hold, 2003); Akkermansia, más del 1 % de las células de las heces (Derrien, 2008); las enterobacterias, una pequeña minoría (Shin, 2015). Estas partes cambian mucho de una persona a otra.
- humanoLas vitaminas. Algunas bacterias del intestino, entre ellas las bifidobacterias, fabrican vitaminas B; otras hacen vitamina K2 (LeBlanc, 2013; Conly, 1992).
- hipótesisFormas y lugares. Las formas siguen el aspecto al microscopio (bastoncillos, Y de las bifidobacterias, óvalos de Akkermansia), pero tamaños y lugares son ilustrativos: en el intestino, estas familias están mezcladas.
¿Cuántas especies quedan, día tras día?
La caída tarda unos días, la recuperación unas semanas; solo los días 0, 8 y 180 son recuentos publicados.
Lo que valen estas cifras, y lo que es estimado (5 notas)
¿Todos los antibióticos dejan la misma huella?
No: según el medicamento, la diferencia medida dura de 1 semana a 1 año. Cada barra llega hasta el último control en que aún se medía una diferencia.
Los valores en texto, y lo que valen estas cifras (3 notas)
| Antibiótico | Composición distinta | Diversidad más baja | Estudio |
|---|---|---|---|
| Amoxicilina y ácido clavulánico | hasta 1 semana después de dejarlo | no indicada | MacPherson, 2018 (70 adultos) |
| Amoxicilina | 1 semana | ningún efecto claro | Zaura, 2015 (14 personas) |
| Minociclina | 1 mes | justo tras el tratamiento | Zaura, 2015 (10 personas) |
| Clindamicina | 4 meses | 4 meses | Zaura, 2015 (9 personas) |
| Ciprofloxacino | 1 mes | 12 meses | Zaura, 2015 (10 personas) |
| Trío muy fuerte | 1,5 meses | especies de menos a los 6 meses | Palleja, 2018 (12 hombres) |
- humanoGrupos pequeños. De 9 a 14 personas por antibiótico en Zaura, y son personas sanas. Las duraciones no valen para todo el mundo.
- humanoUn estudio financiado por un fabricante. MacPherson, 2018 fue financiado por Lallemand, que vende probióticos.
- humanoDe una persona a otra. 3 personas tomaron 2 veces 5 días de ciprofloxacino. Su diversidad caía en 3 a 4 días y volvía sobre todo en 1 semana, pero al final del estudio, a los 10 meses, su microbiota estaba estable y era distinta de la inicial. La reacción variaba de una persona a otra, y de un tratamiento a otro (Dethlefsen y Relman, 2011).
Preguntas frecuentes sobre la microbiota y los antibióticos
¿Cuánto tarda en recuperarse la flora intestinal tras un antibiótico?
La flora intestinal, o microbiota, se recupera en 1 semana o en varios meses según el antibiótico. Tras 7 días de amoxicilina y ácido clavulánico, había vuelto a su perfil inicial 1 semana después de dejarlo (MacPherson, 2018). Tras un tratamiento mucho más fuerte, estaba cerca de la inicial en 6 semanas, con especies aún ausentes a los 6 meses (Palleja, 2018).
¿Qué bacterias viven en el intestino y qué fabrican?
Dos grandes grupos, los Bacillota y los Bacteroidota, forman cerca del 90 % de las bacterias del colon (Rinninella, 2019). Juntas, transforman la fibra que no digerimos en acetato, propionato y butirato, más o menos en la proporción 60 : 20 : 20, y el cuerpo absorbe el 95 % de estos ácidos grasos (den Besten, 2013). El butirato alimenta la pared del colon, el propionato va al hígado, el acetato llega a los músculos. Algunas hacen también vitaminas B o K2, y gases.
¿Hay que tomar probióticos después de un antibiótico?
No necesariamente: no parecen ayudar a que la microbiota se recupere, pero pueden reducir un riesgo concreto. En un estudio pequeño, la vuelta de la microbiota original fue más lenta y menos completa con probióticos (Suez, 2018). Contra la infección por C. difficile, una gran revisión encuentra un 1,5 % de casos con probióticos frente a un 4,0 % sin ellos; el beneficio se ve sobre todo cuando el riesgo inicial supera el 5 %, y no por debajo (Cochrane, 2025). Coméntelo con un médico o un farmacéutico.
¿Por qué puede dar diarrea un antibiótico?
Un antibiótico mata también bacterias útiles del intestino, y otras pueden ocupar su lugar. La más temida se llama C. difficile: el riesgo puede ser hasta 10 veces mayor durante el tratamiento y en el mes siguiente (CDC). Una diarrea fuerte o que dura es motivo de consulta.
¿Qué comer para ayudar a la microbiota tras un antibiótico?
Ninguno de los estudios de esta página compara dietas tras un antibiótico, así que no permite aconsejar un alimento concreto. Sí se sabe que la microbiota reacciona rápido a la alimentación: cambia un día después de que la nueva dieta llega al intestino, en 10 voluntarios por dieta (David, 2014).
Ver también
¿Sirve un antibiótico contra un virus? ¿Qué es la gastritis y cuánto dura? ¿Cómo se forma una úlcera y cuánto tarda en curarse?
Fuentes
- Palleja A et al. Nature Microbiology, 2018. doi:10.1038/s41564-018-0257-9
- Fischer MM, Bild M. Preprint, 2019. arXiv:1906.11546
- Zaura E et al. mBio, 2015. doi:10.1128/mBio.01693-15
- MacPherson CW et al. Scientific Reports, 2018. PMC6060159
- Dethlefsen L, Relman DA. PNAS, 2011. doi:10.1073/pnas.1000087107
- Suez J et al. Cell, 2018. doi:10.1016/j.cell.2018.08.047
- Esmaeilinezhad Z et al. Cochrane, 2025. CD006095
- CDC. About C. diff
- David LA et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature, 2014. doi:10.1038/nature12820
- Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biology, 2016. doi:10.1371/journal.pbio.1002533
- Tropini C et al. The gut microbiome: connecting spatial organization to function. Cell Host and Microbe, 2017. doi:10.1016/j.chom.2017.03.010
- Olsan EE et al. Colonization resistance: the deconvolution of a complex trait. Journal of Biological Chemistry, 2017. doi:10.1074/jbc.R116.752295
- Fernandez-Julia P et al. Cross-feeding interactions between human gut commensals belonging to the Bacteroides and Bifidobacterium genera. Microbiome Research Reports, 2022. doi:10.20517/mrr.2021.05
- Louis P, Flint HJ. Formation of propionate and butyrate by the human colonic microbiota. Environmental Microbiology, 2017. doi:10.1111/1462-2920.13589
- Tiffany E et al. Mucin-degrading gut bacteria: context-dependent roles in intestinal homeostasis and disease. Gut Microbes, 2026. doi:10.1080/19490976.2026.2614054
- Desai MS et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell, 2016. doi:10.1016/j.cell.2016.10.043
- den Besten G et al. The role of short-chain fatty acids in the interplay between diet, gut microbiota, and host energy metabolism. Journal of Lipid Research, 2013. doi:10.1194/jlr.R036012
- Cummings JH et al. Short chain fatty acids in human large intestine, portal, hepatic and venous blood. Gut, 1987. doi:10.1136/gut.28.10.1221
- Rinninella E et al. What is the healthy gut microbiota composition? A changing ecosystem across age, environment, diet, and diseases. Microorganisms, 2019. doi:10.3390/microorganisms7010014
- Arboleya S et al. Gut Bifidobacteria populations in human health and aging. Frontiers in Microbiology, 2016. doi:10.3389/fmicb.2016.01204
- Hold GL et al. Oligonucleotide probes that detect quantitatively significant groups of butyrate-producing bacteria in human feces. Applied and Environmental Microbiology, 2003. doi:10.1128/AEM.69.7.4320-4324.2003
- Derrien M et al. The mucin degrader Akkermansia muciniphila is an abundant resident of the human intestinal tract. Applied and Environmental Microbiology, 2008. doi:10.1128/AEM.01226-07
- Shin NR, Whon TW, Bae JW. Proteobacteria: microbial signature of dysbiosis in gut microbiota. Trends in Biotechnology, 2015. doi:10.1016/j.tibtech.2015.06.011
- LeBlanc JG et al. Bacteria as vitamin suppliers to their host: a gut microbiota perspective. Current Opinion in Biotechnology, 2013. doi:10.1016/j.copbio.2012.08.005
- Conly JM, Stein K. Quantitative and qualitative measurements of K vitamins in human intestinal contents. The American Journal of Gastroenterology, 1992. PMID 1539565
- Tomlin J, Lowis C, Read NW. Investigation of normal flatus production in healthy volunteers. Gut, 1991. doi:10.1136/gut.32.6.665
- Derrien M et al. Akkermansia muciniphila gen. nov., sp. nov., a human intestinal mucin-degrading bacterium. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2004. doi:10.1099/ijs.0.02873-0
- Van Herreweghen F et al. In vitro colonisation of the distal colon by Akkermansia muciniphila is largely mucin and pH dependent. Beneficial Microbes, 2017. doi:10.3920/BM2016.0013
¿Verdadero o falso?
Todos los antibióticos dañan la microbiota durante meses.
Falso. La huella depende del medicamento: en 14 personas que tomaron amoxicilina, la composición solo difería del placebo a la semana; con clindamicina, hasta 4 meses (Zaura, 2015).
Los probióticos siempre aceleran la recuperación de la microbiota.
Falso. En un estudio pequeño, la microbiota original volvía más despacio y de forma menos completa con probióticos (Suez, 2018).
El mismo antibiótico puede actuar de forma distinta en dos personas.
Verdadero. En 3 personas que tomaron el mismo ciprofloxacino, los cambios variaban de una persona a otra, y de un tratamiento a otro (Dethlefsen y Relman, 2011).
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Metabolive. «¿Cuánto tarda la flora en volver tras antibióticos?». Actualizado el 2 de noviembre de 2026. https://metabolive.com/es/dia-a-dia/microbiota-antibioticos.